Недавно столкнулся с такой проблемой: встроил видео от YouTube на сайт и обнаружил, что оно перекрывает все слои и пляски с бубном в CSS с z-index ничего не дают.
Решение:

<script language="javascript">
$(document).ready(function () {
    $('iframe').each(function() {
        var url = $(this).attr('src');
        $(this).attr('src', url+'?wmode=transparent');
    });
});
</script>

Получается, что параметр «transparent» надо просто прописать как GET-параметр.